Πολιτική Δράση

Το 1992 ίδρυσε την "Ένωση Πολιτών Θεσσαλονίκης". Το 2002 ήταν υποψήφιος δημοτικός σύμβουλος με τον συνδυασμό "Θεσσαλονίκη Τώρα" του υποψήφιου του ΚΚΕ, Αγάπιου Σαχίνη. Το 2004 τοποθετήθηκε στην τιμητική τελευταία (μη εκλόγιμη) θέση του Ευρωψηφοδελτίου του ΠΑΣΟΚ. Το 2006 ήταν ανεξάρτητος υποψήφιος Δήμαρχος Θεσσαλονίκης με την "Πρωτοβουλία για τη Θεσσαλονίκη", καταφέρνοντας να συγκεντρώσει ποσοστό 16%. Το 2009 υπήρξε ένα από τα ιδρυτικά στελέχη του κόμματος Δράση, του οποίου ηγείται ο Στέφανος Μάνος.


Δήμαρχος Θεσσαλονίκης

Το 2010 ήταν ο νικητής των εκλογών για τη δημαρχία της Θεσσαλονίκης, επικεφαλής του συνδυασμού "Πρωτοβουλία για τη Θεσσαλονίκη", υποστηριζόμενος, αυτή τη φορά, και από το ΠΑΣΟΚ, τη Δημοκρατική Αριστερά, τη Δράση και την Ντόρα Μπακογιάννη.
Στο 2ο γύρο συγκέντρωσε ποσοστό 50,18% (52.191 ψήφους), οριακή διαφορά 309 ψήφων σε σχέση με τον συνδυασμό του Κώστα Γκιουλέκα ο οποίος συγκέντρωσε 49,82% (51.882 ψήφους) και εκλέχθηκε δήμαρχος Θεσσαλονίκης.
Μέσα στις πρώτες δηλώσεις ως δήμαρχος Θεσσαλονίκης ανακοίνωσε την επιθυμία για ανέγερση Ισλαμικού Τεμένους, αποτεφρωτήριου νεκρών αλλά και μνημεία για τους Εβραίους και την Επανάσταση των Νεότουρκων. Ο Μπουτάρης δήλωσε ότι η ανέγερση των μνημείων αυτών θα προσελκύσουν στην Θεσσαλονίκη Εβραίους και Τούρκους τουρίστες οι οποίοι θα έρθουν με σκοπό να επισκεφτούν τα πατρογονικά τους εδάφη.
Αντιδράσεις των κομματικών στελεχών του ΠΑΣΟΚ εισέπραξε ο Μπουτάρης μετά την εκλογή των προσώπων του δημοτικού συμβουλίου. Στελέχη του ΠΑΣΟΚ ανέφεραν: "με τον τρόπο αυτό ο νέος δήμαρχος οδηγεί το ΠΑΣΟΚ στην έξοδο από την Πρωτοβουλία". Ο Ιωάννης Μπουτάρης λίγα εισοσιτετράωρα με την εκλογή του είχε δηλώσει: "ευχαριστούμε τα κόμματα για τη στήριξή τους αλλά από εδώ και στο εξής κουμάντο κάνουμε εμείς". Από ορισμένους ο Μπουτάρης κατηγορήθηκε ότι με την κίνηση αυτή επέλεξε μόνο στενούς συνεργάτες και πρόσωπα τα οποία δεν πρόκειται να του εναντιωθούν στις αποφάσεις του ως δημάρχου. Από άλλους η κίνησή του αυτή θεωρείται δείγμα της ανεξαρτησίας του από τα κόμματα και της στενής επαφής του με την κοινωνία των πολιτών.